三个月宝宝便秘的治疗方法包括养成排便习惯、改善饮食结构、使用益生菌或开塞露辅助排便、进行手术治疗等，具体应根据病因及个人情况合理选择，且需遵医嘱。
一、养成排便习惯：三个月宝宝由于肌肉、神经等尚处于发育阶段，排便反射较弱，所以需要为婴儿培养定时定期排便的良好习惯。
二、改善饮食结构：如果长期食用高蛋白质而少糖的食物，易导致大便干结从而引起宝宝便秘，这种情况只需调整饮食结构即可。
三、辅助治疗手段：
1.若奶量或辅食进食少，会使大便形成速度慢，出现便秘假象，且长期进食不足还会影响身体正常发育进而影响排便功能。对此，通常可以适当服用肠道益生菌帮助消化，或直接使用开塞露缓解症状，但这个改善过程相对较长，因三个月宝宝属于特殊人群，务必遵医嘱用药，以防产生不良后果。
2.对于先天性巨结肠、先天性甲状腺功能低下等病理因素导致的宝宝便秘，可能需要依据患儿病情严重程度、年龄、全身状况等多种因素来选择相应的药物或进行手术治疗。
三个月宝宝便秘的治疗不能急于求成，一定要做到对因对症，切不可自行用药而延误病情导致严重后果。