停经45天未见孕囊的原因包括：怀孕时间短、宫外孕、葡萄胎，此外生化妊娠、胎停育也可能导致。
一、怀孕时间短：部分女性排卵时间较晚，使得实际怀孕时间偏短，孕囊还未充分发育或发育较小，进行B超检查时会显示未见孕囊，但此时血液中HCG以及孕酮含量相对较高。
1.排卵较晚：这会导致受孕时间后延，孕囊出现时间也会相应推迟。
2.孕囊发育情况：发育程度未达到能被B超检测到的标准。
3.相关激素水平：HCG和孕酮含量能反映一定的怀孕状态。
二、宫外孕：受精卵在子宫以外部位如输卵管、卵巢等着床，导致宫腔内看不到孕囊，患者常伴有阴道出血、腹痛等异常表现，需通过进一步检查如超声检查等来明确判断。
1.着床位置异常：不在子宫内而是在其他部位。
2.症状表现：阴道出血和腹痛等。
3.检查方法：超声检查等对诊断有重要意义。
三、葡萄胎：多因妊娠后胎盘绒毛滋养细胞增生、间质水肿形成水泡所致。检查时会发现子宫大于相应孕周但无孕囊，患者可能伴有停经后阴道流血、妊娠呕吐等症状。
1.病因：与滋养细胞异常有关。
2.子宫特征：大于相应孕周。
3.伴随症状：阴道流血、妊娠呕吐等。
总之，当停经45天未见孕囊时，可能存在多种情况，需要结合临床症状、相关检查等进一步明确诊断，以便采取合适的处理措施。