停经45天未见孕囊的原因包括以下几种：
一、怀孕时间短：部分女性排卵较晚，实际怀孕时间偏短，孕囊还未充分发育或发育较小，进行B超检查时就可能看不到孕囊，但此时血液中HCG以及孕酮含量通常相对较高。
1.具体因为排卵时间的不确定性，可能导致受孕时间延迟，那么孕囊的形成和发育也会相应推迟，所以在停经45天时可能还难以通过B超检测到。
二、宫外孕：受精卵在子宫以外的部位如输卵管、卵巢等着床，会致使宫腔内看不到孕囊，患者可能伴有阴道出血、腹痛等表现，需进一步通过超声等检查来明确判断。
1.具体阐述：宫外孕是一种危险的情况，受精卵在宫外着床后发育，由于位置不对，无法正常形成孕囊在宫腔内显现，同时可能引发一系列不适症状。
三、葡萄胎：大多是由于妊娠后胎盘绒毛滋养细胞增生、间质水肿形成水泡所致。检查时会发现子宫大于相应孕周但无孕囊，患者可同时有停经后阴道流血、妊娠呕吐等症状。
1.具体说明：葡萄胎的特殊病理变化导致了子宫内的异常情况，与正常怀孕的孕囊表现完全不同，并且会伴随特定的临床症状。
此外，生化妊娠、胎停育也可能出现这种情况，需要做进一步检查以明确诊断。总之，停经45天未见孕囊的原因多样，需要综合各种检查和临床表现来准确判断具体情况。