心脏神经官能症的病因目前尚未完全明确，但多与多种因素相关。一般认为，大约有30% - 50%的患者可能存在神经类型的影响，比如神经类型为弱型、艺术型或抑郁型的人群相对更容易患上该病。
心理社会因素方面
长期精神压力过大： 当人长期处于高强度的工作压力、生活压力下时，比如工作中面临长期的 deadlines（截止日期）、家庭中遭遇重大变故等情况，精神一直处于高度紧张状态，就容易引发心脏神经官能症。长期的精神压力会干扰人体的神经 - 内分泌调节系统，进而影响心脏的正常功能。负面情绪影响： 长期处于焦虑、抑郁、愤怒等负面情绪中也与心脏神经官能症的发生密切相关。例如，长期抑郁的人，体内的激素水平会发生改变，像肾上腺素、去甲肾上腺素等分泌异常，这些激素的变化会对心血管系统产生不良影响，使得心脏出现类似神经官能症的症状，如心悸、胸痛等。
神经生物学因素方面
神经递质失衡： 体内的神经递质，如5 - 羟色胺、去甲肾上腺素等在情绪调节和心血管功能调节中起着重要作用。当这些神经递质失衡时，就可能导致心脏神经官能症。比如5 - 羟色胺水平降低时，可能会影响人的情绪状态以及心血管的正常节律调节。自主神经功能紊乱： 自主神经系统包括交感神经和副交感神经，它们共同调节心脏的跳动、血管的收缩等功能。如果自主神经功能紊乱，交感神经兴奋占优势或者副交感神经相对抑制，就会出现一系列心脏相关的症状，像心悸、心跳加快等，这也是心脏神经官能症的常见表现机制之一。
遗传易感性方面
家族遗传倾向： 研究发现，心脏神经官能症具有一定的家族遗传易感性。如果家族中有亲属患有心脏神经官能症，那么其他家族成员患病的风险可能会相对增高。虽然具体的遗传机制还不是完全清楚，但基因在其中起到了一定的作用，可能是某些基因使得个体对神经 - 精神因素的易感性增加。个体基因差异： 不同个体的基因存在差异，这些基因差异可能影响到神经递质的合成、代谢以及自主神经的调节功能等。比如某些基因的突变可能会导致神经递质的代谢途径出现异常，从而增加心脏神经官能症的发病风险。