心脏神经官能症的原因目前尚未完全明确，但多与心理社会因素、神经类型以及环境因素等有关。一般认为，约有1/3的人可能因这些因素而患上心脏神经官能症。
心理社会因素方面
长期精神压力过大： 当人长期处于高强度的工作压力、生活压力下，比如工作中面临频繁的 deadlines、生活里遭遇重大变故（如亲人离世、婚姻破裂等），会使得神经内分泌系统紊乱，进而影响心脏的正常神经调节。据相关调查，长期处于高压环境的人群中，患心脏神经官能症的比例比正常人群高出约20%。情绪波动较大： 性格比较敏感、情绪容易大起大落的人，比如经常焦虑、抑郁、过度紧张等。像一些性格内向、遇事爱钻牛角尖的人，其情绪的频繁波动会干扰自主神经功能，导致心脏出现类似心脏病的症状，但实际心脏本身并无器质性病变。
神经类型方面
神经类型易感人群： 属于弱型或强而不均衡型的神经类型人群更容易患上心脏神经官能症。弱型神经类型的人对外界刺激耐受性差，稍微有点风吹草动就容易出现神经功能失调；强而不均衡型的人则兴奋和抑制过程不平衡，容易出现交感神经兴奋占优势的情况，从而影响心脏的神经调节。遗传因素影响： 有研究发现，心脏神经官能症可能存在一定的遗传倾向。如果家族中有亲属患有心脏神经官能症，那么其亲属患病的风险可能会比普通人群高一些，但具体的遗传机制还在进一步研究中。
环境因素方面
生活环境改变： 当生活环境突然发生较大变化时，比如从熟悉的城市搬到陌生的城市、工作环境突然改变等，人体需要适应新的环境，这一过程中可能会出现神经功能的紊乱，引发心脏神经官能症。例如，刚到一个新城市生活的人群中，有5% - 10%的人可能会因为环境不适应而出现心脏神经官能症相关症状。不良生活习惯： 长期熬夜、过度吸烟饮酒等不良生活习惯也可能诱发心脏神经官能症。熬夜会打乱人体的生物钟，影响自主神经的节律；过度吸烟饮酒会损害心血管系统的正常功能，干扰神经调节。长期吸烟的人群患心脏神经官能症的概率比不吸烟人群高约15%，过度饮酒的人群患病风险也会明显增加。