心肌炎通常是由病毒感染、自身免疫性疾病、药物和毒物等因素引起。其中病毒感染是最常见的原因，比如柯萨奇B组病毒，约占病毒性心肌炎病因的30%~50%。
病毒感染引起
肠道病毒感染： 像柯萨奇病毒、埃可病毒等肠道病毒，容易引发心肌炎。这些病毒主要通过消化道传播，当人体免疫力下降时，病毒就可能侵入心肌细胞，从而引发炎症反应。例如，在一些儿童群体中，肠道病毒感染后就比较容易累及心肌导致心肌炎。呼吸道病毒感染： 流感病毒、腺病毒等呼吸道病毒也是导致心肌炎的常见病原体。流感病毒感染后，病毒可直接侵犯心肌，或者通过免疫反应间接损伤心肌。有研究发现，流感大流行期间，心肌炎的发病率会有所升高。
自身免疫性疾病相关
结缔组织病引发： 像系统性红斑狼疮、类风湿关节炎等结缔组织病，可累及心脏，引发自身免疫性心肌炎。在系统性红斑狼疮患者中，约有10%~50%会出现心脏受累，其中就包括心肌炎。这类疾病是由于自身免疫系统错误地攻击自身心肌组织，导致心肌发生炎症。血管炎相关： 一些血管炎疾病，如结节性多动脉炎等，也可能影响到心肌，引发心肌炎。血管炎会导致血管壁炎症，进而影响心肌的血液供应和正常功能，引发心肌的炎症反应。
药物和毒物因素
某些药物影响： 一些抗肿瘤药物、抗精神病药物等可能会引起心肌损伤，进而导致心肌炎。比如部分化疗药物在杀灭肿瘤细胞的同时，可能对心肌细胞产生毒性作用，引发心肌炎症。不过具体的药物引发心肌炎的机制各不相同，有的是直接的毒性损伤，有的是通过免疫反应介导。毒物接触： 某些毒物，如酒精、一氧化碳等，也可能导致心肌炎。长期大量饮酒的人，酒精会对心肌产生毒性作用，损伤心肌细胞，引发心肌炎症。而一氧化碳中毒时，一氧化碳会与血红蛋白结合，影响心肌的氧供，导致心肌缺氧损伤，进而引发心肌炎。