多囊卵巢综合症出现的原因目前尚未完全明确，一般认为可能与遗传因素、内分泌失调以及生活方式等多方面有关。有研究表明，遗传因素在多囊卵巢综合症发病中占比较大，约20%~60%的患者存在遗传易感性。
遗传因素方面：
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有多囊卵巢综合症，那么女性成员患病的风险会相对增高。例如，母亲患有多囊卵巢综合症，其女儿患病的几率比正常人群要高很多。这是因为基因携带了相关的遗传信息，使得个体更容易出现内分泌和代谢方面的异常。特定基因变异： 某些特定的基因变异与多囊卵巢综合症的发生密切相关。比如，一些涉及激素合成、代谢以及胰岛素信号通路的基因发生突变或变异时，就可能干扰正常的生理功能，增加患多囊卵巢综合症的可能性。
内分泌失调方面：
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴功能紊乱： 正常情况下，下丘脑分泌促性腺激素释放激素，刺激垂体分泌促卵泡生成素和促黄体生成素，它们共同调节卵巢的功能。但在多囊卵巢综合症患者中，这个轴的调节出现紊乱，促黄体生成素水平相对升高，促卵泡生成素水平相对偏低，导致卵巢内卵泡发育异常，不能正常排卵，进而引起一系列激素水平的改变，如雄激素水平升高、胰岛素抵抗等。胰岛素抵抗： 约50%~70%的多囊卵巢综合症患者存在胰岛素抵抗现象。胰岛素抵抗是指机体对胰岛素的敏感性降低，为了维持正常的血糖水平，胰腺会分泌更多的胰岛素，形成高胰岛素血症。高胰岛素血症又会刺激卵巢分泌更多的雄激素，进一步加重多囊卵巢综合症的症状，形成恶性循环。
生活方式方面：
饮食习惯： 长期高热量、高脂肪、高糖的饮食习惯，会导致体重增加，而肥胖是多囊卵巢综合症的一个重要危险因素。过多的热量摄入会引起胰岛素抵抗，影响内分泌平衡，从而增加患病风险。例如，长期大量食用油炸食品、甜食等，就容易使体重超标，进而增加患多囊卵巢综合症的可能性。缺乏运动： 运动量过少也是导致多囊卵巢综合症的一个因素。缺乏体育锻炼会使身体代谢减慢，脂肪堆积，影响激素的正常调节。研究发现，经常保持久坐不动生活方式的人，相比经常运动的人，患多囊卵巢综合症的几率更高。