肛瘘主要症状有肛周反复流脓，一般每天流脓量可能在数毫升到数十毫升不等，脓液多少与肛瘘的瘘管长短、病情轻重有关。此外，疼痛也是常见症状，当瘘管通畅时，疼痛可能较轻，但当脓液引流不畅时，会出现明显疼痛，尤其在排便时，因肛门括约肌收缩，疼痛可能加剧。还有瘙痒症状，由于脓液不断流出刺激肛周皮肤，患者会感觉肛周瘙痒不适，皮肤可因搔抓而出现糜烂、湿疹样改变。
流脓情况
瘘管较浅时： 脓液相对容易流出，可能在肛周皮肤可见少量脓性分泌物，有时在排便后或行走时，可见分泌物从外口溢出。瘘管较深时： 脓液流出可能不那么通畅，有时会感觉有脓液蓄积，外口可能暂时闭合，此时会出现局部肿痛，随后外口可能再次破溃流脓。
疼痛表现
单纯性肛瘘： 一般疼痛较轻，多为隐痛、坠胀感。复杂性肛瘘： 疼痛相对明显，当瘘管发生感染、炎症加重时，疼痛会加剧，呈跳痛样，尤其是在排便时，肛门括约肌收缩，疼痛会更明显，严重影响患者的日常生活和排便。
瘙痒特点
局部刺激： 由于肛瘘流出的脓液含有刺激性物质，长期刺激肛周皮肤，会导致皮肤瘙痒难耐，患者会不自觉地搔抓肛周皮肤。皮肤改变： 因搔抓，肛周皮肤可能出现抓痕、破溃、结痂等情况，长期反复刺激还可能导致肛周皮肤色素沉着、苔藓样变等，进一步加重瘙痒症状，影响患者的生活质量。