怀孕40天B超看不到孕囊，可能是以下原因导致，可采取相应措施：
1.受孕时间晚：受精卵可能刚着床，孕囊还太小，B超暂时无法看到。可间隔1-2周后复查，观察孕囊的发育情况。
2.宫外孕：孕囊可能在子宫外着床，如输卵管、卵巢等部位。这种情况非常危险，需要及时就医，通过血β-HCG测定、孕酮测定、B超检查等明确诊断，并进行相应治疗，如手术治疗或药物治疗。
3.生化妊娠：虽然精子和卵子结合形成了受精卵，但受精卵没有在子宫内着床，而是随着月经一起排出体外。这种情况一般不需要特殊处理，就当来一次月经。
4.其他：子宫肌瘤、子宫内膜息肉等也可能影响孕囊的着床和发育。
需要注意的是，以上只是一些常见的原因和处理方法，具体情况还需要结合个人的具体情况和医生的建议来判断。如果对怀孕40天B超看不到孕囊有疑虑或担忧，建议及时咨询医生，进行详细的检查和咨询。同时，在等待复查或进一步检查的过程中，要注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态。如果出现阴道出血、腹痛等异常情况，应立即就医。