炎症性肠病的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与以下因素有关。目前认为遗传因素在炎症性肠病发病中占重要地位，有研究显示，约15% - 25%的患者有家族史，一级亲属患病风险比普通人群高5 - 10倍。
遗传因素：
基因易感性： 多个基因与炎症性肠病相关，比如NOD2/CARD15基因，该基因的某些突变会增加患克罗恩病的风险。研究发现携带特定NOD2/CARD15基因突变的人群，患克罗恩病的概率比不携带的人群高。家族聚集性： 如果家族中有炎症性肠病患者，其他家庭成员患病的可能性相对较高。比如父母一方患有溃疡性结肠炎，子女患病风险比普通人群高出一定比例。
肠道微生物因素：
肠道菌群失衡： 正常肠道菌群对维持肠道稳态至关重要。当肠道菌群的组成和功能发生改变，如有益菌减少，有害菌增多时，可能引发肠道炎症反应。例如，溃疡性结肠炎患者肠道内的一些条件致病菌数量可能会异常增多，破坏肠道屏障功能，导致炎症发生。微生物代谢产物变化： 肠道微生物代谢产生的一些物质，如短链脂肪酸等，对肠道免疫调节起着重要作用。当肠道菌群失调时，微生物代谢产物的量和种类发生改变，影响肠道免疫平衡，进而诱发炎症性肠病。比如短链脂肪酸减少时，可能无法有效抑制肠道炎症。
免疫系统因素：
免疫反应异常： 人体免疫系统在肠道内的调节出现紊乱时，会攻击肠道自身组织。在炎症性肠病患者体内，免疫系统会错误地将肠道内的正常菌群或肠道组织当作外来异物进行攻击，导致肠道持续炎症。例如，肠道黏膜免疫系统中的T细胞、B细胞等免疫细胞功能失调，引发过度的免疫应答。细胞因子失衡： 细胞因子在肠道炎症反应中发挥关键作用。在炎症性肠病患者中，一些促炎细胞因子如肿瘤坏死因子 - α（TNF - α）等分泌过多，而抗炎细胞因子相对不足，导致肠道炎症难以消退，长期处于炎症状态，进而引发溃疡性结肠炎或克罗恩病等炎症性肠病。