肠道功能紊乱的症状多样，常见的有消化系统方面的表现。比如约有50%左右的患者会出现腹痛，疼痛部位不固定，一般在脐周较多，疼痛程度不一，多数可忍受。
消化系统症状表现
腹胀： 患者常常会感觉腹部胀满，尤其是在进食后更为明显，有时会持续数小时甚至一整天。部分人还可能伴有腹部咕噜咕噜响（肠鸣音亢进）的情况。腹泻与便秘交替： 有的患者会出现腹泻，大便次数增多，每天可能3 - 5次甚至更多，大便性状较稀，呈糊状或水样；而另一些时候又会出现便秘，大便干结、难解，间隔时间延长。例如有的患者可能连续2 - 3天没有大便，排便困难。
全身症状表现
疲劳乏力： 由于肠道功能紊乱影响营养物质的吸收，患者可能会感到全身乏力，没有精神，即使经过充足的休息也难以缓解。失眠多梦： 约有30% - 40%的肠道功能紊乱患者会出现睡眠问题，表现为入睡困难、多梦、易醒等。这是因为肠道功能紊乱可能会影响自主神经功能，进而干扰睡眠。
心理方面症状表现
焦虑抑郁： 长期受肠道功能紊乱困扰的患者，容易出现焦虑、抑郁情绪。比如有的患者会担心自己的病情是否严重，整天忧心忡忡，对日常活动兴趣降低，情绪低落。注意力不集中： 患者可能会发现自己难以集中注意力，在工作或学习时容易分心，影响正常的生活和工作效率。这与肠道功能紊乱导致身体不适，进而影响大脑的神经功能有关。