肠功能紊乱的症状多样，常见的有消化系统方面的表现。一般来说，约有半数以上的肠功能紊乱患者会出现腹胀症状，尤其在进食后较为明显。
消化系统症状表现
腹痛： 多数患者会有腹痛情况，疼痛部位不固定，一般为隐痛或胀痛，程度轻重不一，有的可能持续数分钟至数小时不等。腹泻： 每天排便次数可能增多，可达3 - 5次甚至更多，大便性状稀溏，可能含有未消化的食物残渣，但无脓血。便秘： 与腹泻可能交替出现，排便困难，大便干结，排便时间间隔延长，有的患者几天才排便一次。
全身症状表现
疲劳乏力： 由于肠道功能紊乱影响营养吸收，患者可能会感觉全身乏力，精神状态不佳，容易感到疲倦，影响日常的工作和生活。睡眠障碍： 约有30% - 40%的肠功能紊乱患者会出现睡眠问题，如入睡困难、多梦、易惊醒等，这与肠道不适导致的身体不适以及神经功能紊乱有关。
其他症状表现
情绪异常： 部分患者会出现情绪方面的变化，如焦虑、抑郁等，因为肠道与大脑通过肠 - 脑轴相互影响，肠道功能紊乱可能会影响神经递质的平衡，从而导致情绪波动。食欲改变： 有的患者会出现食欲减退，不想吃东西；而有的患者则可能出现食欲亢进，总是有饥饿感，但进食后又会出现腹部不适等情况。