三个月婴儿轻微咳嗽能否自愈，需要根据具体情况来判断。一般来说，如果咳嗽是由轻微的刺激或感冒引起的，婴儿的免疫系统可能会自行清除病原体，咳嗽也会逐渐缓解。以下是一些需要考虑的因素：
1.咳嗽的原因：如果咳嗽是由以下原因引起的，可能会自愈：
轻微的刺激：如空气中的污染物、烟雾、干燥空气等。
感冒或上呼吸道感染：通常是由病毒引起的，大多数情况下会在一周到十天内自行好转。
2.婴儿的健康状况：如果婴儿的健康状况良好，没有其他不适症状，如发热、呼吸急促、喘息等，咳嗽可能会自愈。
3.观察和护理：在等待咳嗽自愈的过程中，可以采取以下措施：
保持室内空气湿润：使用加湿器可以帮助减轻咳嗽。
给婴儿多喝水：有助于缓解喉咙的不适。
避免过度刺激：尽量避免让婴儿接触过敏原或刺激性物质。
4.就医的时机：如果咳嗽持续时间较长、加重或出现其他不适症状，应考虑就医。医生可能会进行进一步的检查，如听诊肺部，以确定是否存在其他问题，并根据具体情况给予适当的治疗建议。
需要注意的是，对于三个月以下的婴儿，尤其是有其他健康问题的婴儿，咳嗽可能需要更密切的观察和治疗。如果对婴儿的咳嗽情况感到担忧，最好咨询医生的意见。医生可以根据婴儿的具体情况提供个性化的建议和治疗方案。此外，不要自行给婴儿使用药物，除非医生明确建议。