儿童矮小症的病因较多，其中常见的有生长激素缺乏或分泌不足，约占所有矮小症患儿的30%左右。此外，还有多种其他因素也会导致儿童矮小症。
一、内分泌系统相关病因
生长激素缺乏症： 垂体前叶分泌生长激素不足是常见原因。患儿除了身材矮小，通常智力发育正常，但生长速度缓慢，每年身高增长低于5厘米。甲状腺功能减退： 甲状腺激素分泌不足会影响儿童的生长发育和新陈代谢。除了身材矮小，还可能伴有智力发育迟缓、皮肤粗糙、食欲减退等表现。
二、遗传因素导致
家族性矮小： 如果父母双方都比较矮小，孩子遗传父母基因后可能出现家族性矮小情况。这种情况一般孩子的出生身高正常，生长速度也在正常范围内，但最终身高会低于遗传预测的靶身高。染色体异常： 比如特纳综合征，主要发生在女孩身上，由于性染色体异常，除了身材矮小，还会有特殊面容、卵巢发育不良等表现。
三、全身性疾病影响
慢性疾病： 像先天性心脏病、慢性肾病、营养不良等慢性疾病都会影响儿童的生长。例如慢性肾病患儿，由于肾功能受损，体内代谢紊乱，会阻碍生长激素的作用，导致身材矮小。营养不良： 长期摄入营养不足，蛋白质、热量等缺乏，会影响儿童的生长发育。如果儿童在婴幼儿期或儿童期存在营养不良情况，就可能出现矮小症，同时还可能伴有体重不增、贫血等表现。
四、其他因素
宫内发育迟缓： 胎儿在宫内生长受限，出生体重低于同胎龄正常体重的第10百分位，这类儿童出生后身高增长可能较缓慢，容易出现矮小症。精神因素： 长期精神压抑也可能影响儿童生长激素的分泌，导致矮小症。比如家庭环境不和谐、长期受到精神刺激的儿童，可能会出现生长发育迟缓的情况。