儿童矮小症的致病原因较多，其中遗传因素较为常见，约70%的矮小症儿童存在遗传方面的原因，如果父母一方身高较矮，孩子出现矮小症的风险可能会增加。
内分泌疾病导致
生长激素缺乏： 生长激素是促进儿童生长的重要激素，如果垂体分泌生长激素不足，就会影响儿童身高增长。例如，先天性垂体发育异常等情况可能导致生长激素分泌减少。甲状腺功能减退： 甲状腺激素对儿童的生长发育也至关重要，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会使儿童生长迟缓，出现身材矮小、智力发育可能受影响等表现。
先天性疾病引发
染色体异常： 像特纳综合征，这是一种常见的性染色体异常疾病，多发于女孩，患者除了身材矮小外，还可能有特殊面容、性腺发育不全等表现。骨骼发育异常： 比如软骨发育不全，这是一种常染色体显性遗传病，患儿会出现四肢短小、躯干相对较长等身材矮小的特征，主要是因为骨骼生长板的软骨细胞发育异常导致骨骼生长受限。
营养与生活因素影响
营养不良： 长期摄入的营养物质不能满足儿童生长需求时，会影响身高增长。例如，蛋白质、钙、维生素D等摄入不足，就可能阻碍骨骼的正常生长发育。睡眠不足： 儿童在睡眠时会分泌大量生长激素，保障充足的睡眠时间对身高增长很重要。如果儿童长期睡眠不足，比如每天睡眠时长达不到推荐的时间，就可能影响生长激素分泌，进而影响身高。