男方感染衣原体后，部分人可能没有明显症状，而有症状的人，常见的表现如下：
泌尿生殖系统症状
尿道炎表现：男性感染衣原体后，可能出现尿道刺痒，一般症状相对较轻，可持续数周。还可能有尿频，即排尿次数较正常增多，有的患者每小时可能就要排尿1 - 2次。尿道口可能会有轻度红肿，晨起时可见尿道口有少量稀薄的黏液性分泌物，有时仅表现为晨起时尿道口有痂膜封口。附睾炎表现：部分患者可能会出现附睾炎，表现为单侧阴囊疼痛、肿胀，附睾肿大、触痛，疼痛可放射至下腹部和腹股沟区域。如果是双侧附睾炎，可能会影响生育功能，因为附睾是储存和输送精子的重要器官，炎症可能会破坏附睾的正常结构和功能。
其他可能的表现
前列腺炎相关表现：少数男性衣原体感染可能累及前列腺，引起前列腺炎，出现会阴部不适、坠胀感，排尿时可能有灼热感，尿后或大便时尿道口可能有白色分泌物溢出（前列腺液）。
无症状感染情况
有相当一部分男性衣原体感染者并没有明显的自觉症状，这类人容易成为传染源，在不知情的情况下传播给性伴侣。所以，如果有过高危性行为等情况，即使自己没有明显不适，也应该进行衣原体检测，因为无症状感染也需要及时发现和治疗，以防止疾病进一步传播和对生殖系统等造成潜在损害。