男人感染衣原体后，泌尿生殖系统较常受累，男性衣原体感染后可能出现尿道刺痒、尿频等症状。部分患者感染后1-3周左右发病。
泌尿生殖系统症状表现
尿道不适： 男性感染衣原体后，初期可能感觉尿道有轻微的刺痒感，这种刺痒感可能会持续存在，并且在排尿时可能会有一定程度的加重。例如，排尿时会觉得尿道有异样的感觉。尿频尿急： 会出现尿频的情况，即排尿次数较平时明显增多，可能1 - 2小时就要排一次尿。同时，也可能伴有尿急，就是有尿意后迫不及待想要排尿，难以控制。
其他可能伴随症状
尿道分泌物： 有的患者会出现尿道分泌物，分泌物量一般较少，呈稀薄状。晨起时可能会发现尿道口有少量粘液性分泌物，或者内裤上有少量污渍。阴囊不适： 部分男性患者感染衣原体后，可能会出现阴囊部位的不适，比如阴囊坠胀感，感觉阴囊沉甸甸的，不舒服。
与其他疾病的区别
与淋病的区别： 淋病引起的尿道分泌物通常较多，多为脓性，而衣原体感染的分泌物相对较稀薄。淋病导致的尿频尿急症状可能更为剧烈，且发病往往更急。与非淋菌性尿道炎其他病原体感染的区别： 比如由支原体感染引起的非淋菌性尿道炎，症状与衣原体感染有相似之处，但在实验室检查时，病原体不同，通过病原学检测可以明确区分。