病毒性脑炎主要是由各种病毒感染引起的，其中肠道病毒是最常见的致病原，约占病毒性脑炎病因的80%左右。
病毒的直接入侵
常见嗜神经病毒：单纯疱疹病毒是较为常见的嗜神经病毒，它可以通过鼻腔等黏膜部位侵入人体，然后沿着神经侵入中枢神经系统，引发脑炎。另外，水痘 - 带状疱疹病毒在人体免疫力低下时，也可能重新激活，侵犯中枢神经系统导致病毒性脑炎。
人体免疫反应相关因素
自身免疫机制影响：当人体免疫系统在对抗病毒感染时，可能会出现免疫调节紊乱。例如，在一些自身免疫性脑炎中，虽然也是病毒感染诱发，但机体的免疫系统错误地攻击了自身脑组织中的一些成分，导致炎症反应持续存在，加重了脑炎的病情。不过这种情况相对少见，但也是病毒性脑炎的相关诱因之一。
易感染人群特点
儿童群体：儿童的免疫系统相对尚未完全发育成熟，对病毒的抵抗力较弱，所以儿童患病毒性脑炎的风险相对较高。比如5岁以下的儿童更容易受到肠道病毒等的侵袭而引发病毒性脑炎。老年人：老年人由于身体机能衰退，免疫力下降，同样容易受到病毒感染。像带状疱疹病毒在老年人中如果发生激活，就较易侵犯中枢神经系统引发脑炎。此外，患有基础疾病的人群，如艾滋病患者，因为自身免疫系统严重受损，感染各种病毒的几率大幅增加，也更容易患上病毒性脑炎。