胃肠炎的治疗药物需根据具体症状选择，一般来说，缓解腹泻可使用蒙脱石散，它能吸附肠道内的病菌和毒素，通常一次服用1袋（3克），用50毫升温水溶解后服用；如果是由细菌感染引起的胃肠炎，可能会用到抗生素，如诺氟沙星，它对肠道常见的革兰阴性菌有较好的抗菌作用，但18岁以下人群禁止使用诺氟沙星。
缓解腹泻类药物
蒙脱石散： 主要作用是吸附肠道内的病原体和毒素，起到止泻的效果。一般成人每次服用1袋（3克），将药物倒入50毫升温开水中，搅拌均匀后服用。儿童服用时需按体重调整剂量，1岁以下儿童每日1袋，分3次服用；1 - 2岁儿童每日1 - 2袋，分3次服用；2岁以上儿童每日2 - 3袋，分3次服用。药用炭： 能吸附肠道内的气体、细菌及其产生的毒素等，从而减轻腹泻症状。成人每次服用3 - 10片，儿童用量酌减，需注意不宜与抗生素等同时服用，以免影响抗生素的疗效。
抑制胃酸类药物
质子泵抑制剂： 如奥美拉唑，它可以抑制胃酸分泌，减少胃酸对胃肠黏膜的刺激。奥美拉唑一般每次服用20毫克，每日1 - 2次，饭前服用。它适用于胃酸分泌过多引起的胃肠炎，能缓解胃痛、反酸等症状，但严重肾功能不全者及婴幼儿要慎用。H₂受体拮抗剂： 像雷尼替丁，也是通过抑制胃酸分泌来发挥作用。成人每次服用150毫克，每日2次，早晚各一次；儿童用量需根据体重计算，一般每日每千克体重2 - 4毫克，分2次服用。孕妇及哺乳期妇女、8岁以下儿童要谨慎使用。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 可以补充肠道有益菌，调节肠道菌群平衡，改善胃肠炎引起的肠道功能紊乱。成人每次服用2 - 3片，每日3次；儿童服用时可将药片碾碎后用温水送服，剂量为成人的一半左右。该药物较为安全，但应避免与抗菌药物同时服用，如需服用，需间隔2 - 3小时。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 能够促进有益菌生长，抑制有害菌繁殖，从而调整肠道菌群。成人每次服用1 - 2粒，每日3次；儿童服用时可将胶囊打开，将药粉加入少量温水或牛奶中服用，剂量同成人。使用时要注意避免与抗菌药物同时服用，若必须服用，需间隔2小时以上。