三个月宝宝便秘的治疗方法包含养成排便习惯、改善饮食结构、使用益生菌或开塞露辅助排便、进行手术治疗等，具体应依据病因和个人情况选择，且要遵医嘱。
一、养成排便习惯：三个月宝宝由于肌肉、神经等处于发育阶段，排便反射较弱，所以需要给宝宝培养定时定期排便的良好习惯，这样有助于预防和改善便秘情况。
二、改善饮食结构：如果长期食用高蛋白质而少糖的食物，可能导致大便干结而引起宝宝便秘，此时就需要调整饮食结构，增加富含膳食纤维等食物的摄入。
三、辅助治疗措施：
1.当奶量或辅食进食少，会使大便形成速度变慢，出现便秘假象，且长期进食不足会影响身体发育进而影响排便功能。这种情况下通常可以适当服用肠道益生菌帮助消化，或直接使用开塞露缓解症状，但改善过程相对较长，因三个月宝宝属于特殊人群，必须严格遵医嘱用药，避免出现不良后果。
2.如果宝宝便秘是由先天性巨结肠、先天性甲状腺功能低下等病理因素导致，那么可能需要根据患儿病情严重程度、年龄、全身状况等多方面因素来选择相应的药物或手术治疗。
总之，三个月宝宝便秘的治疗不能急于求成，一定要做到对因对症治疗，切不可自行用药而延误病情，以免造成严重后果。关键信息：三个月宝宝便秘、治疗方法、养成排便习惯、改善饮食结构、益生菌、开塞露、手术治疗、病理因素、遵医嘱。