三个月大婴儿睡觉摇头，可能与以下原因有关。
1.正常的生理现象：三个月大的婴儿神经系统发育还不完善，控制能力较差，容易出现兴奋、激惹等情况，从而出现摇头的现象。这种情况通常是正常的，随着婴儿的成长，会逐渐消失。
2.皮肤瘙痒：如果婴儿头部出汗较多，或者头皮有湿疹、痱子等，会导致皮肤瘙痒，从而引起摇头。家长可以检查婴儿的头皮，如有异常，及时处理。
3.维生素D缺乏性佝偻病：维生素D缺乏性佝偻病的早期表现之一就是多汗，婴儿会出现摇头、烦躁、睡眠不安等症状。此外，还可能伴有方颅、鸡胸、漏斗胸等骨骼改变。家长可以带婴儿去医院检查维生素D水平，如有缺乏，及时补充。
4.中耳炎：中耳炎是婴儿常见的疾病，由于耳部疼痛，婴儿会出现摇头、哭闹等症状。此外，还可能伴有发热、耳道流脓等症状。家长可以观察婴儿的耳道，如有异常，及时就医。
5.其他：如果婴儿有外耳道湿疹、过敏等情况，也可能导致头部瘙痒，从而引起摇头。
总之，如果三个月大婴儿睡觉摇头，家长可以先观察，如果症状持续不缓解或伴有其他异常，应及时带婴儿去医院就诊，明确原因，以便采取相应的措施。