滴虫性尿道炎主要通过药物治疗，通常全身用药为主。一般来说，常用的药物是甲硝唑，它能有效杀灭阴道毛滴虫等病原体。
药物治疗选择
甲硝唑： 是治疗滴虫性尿道炎的常用药物，它可以干扰滴虫的DNA合成，从而起到杀灭滴虫的作用。一般采用口服的方式给药。替硝唑： 也可用于治疗滴虫性尿道炎，其作用机制与甲硝唑类似，对滴虫有较好的抑制和杀灭效果，同样多为口服制剂。
性伴侣治疗要点
性伴侣需同时治疗： 因为滴虫性尿道炎可通过性接触传播，所以患者的性伴侣也需要一同接受治疗，否则容易出现交叉感染，导致病情反复。一般建议性伴侣服用与患者相同的治疗药物。治疗期间避免性行为： 在性伴侣治疗期间，应避免无保护的性行为，防止再次感染滴虫。
治疗后的复查要求
治疗后复查： 在完成药物治疗后，通常需要在治疗结束后1周左右进行复查。通过复查阴道分泌物或尿液等相关检查，来确定滴虫是否已经被完全清除。如果复查结果仍为阳性，可能需要调整治疗方案。连续复查阴性： 一般需要连续2 - 3次复查结果均为阴性，才能认为滴虫性尿道炎得到彻底治愈。
生活注意事项
个人卫生清洁： 患者要注意保持外阴清洁干燥，每天用温水清洗外阴，勤换内裤，内裤最好用开水烫洗后在阳光下暴晒，以达到消毒的目的。避免公共浴具使用： 要避免使用公共浴池、浴盆、浴巾等，防止将滴虫传染给他人，同时也能减少自身再次感染的风险。