滴虫性尿道炎主要通过药物治疗，通常全身用药为主。一般首选硝基咪唑类药物，像甲硝唑就是常用的，它能有效杀灭阴道毛滴虫等病原体，一般治疗疗程通常需要7 - 10天左右。
药物选择要点
甲硝唑： 属于硝基咪唑类药物，它可以干扰滴虫的DNA合成，从而起到杀灭滴虫的作用。一般采用口服的方式给药。替硝唑： 也是硝基咪唑类药物，和甲硝唑作用机制类似，对滴虫性尿道炎也有较好的疗效，同样是口服给药。
治疗中的注意事项
性伴侣同时治疗： 因为滴虫性尿道炎可以通过性接触传播，所以在治疗滴虫性尿道炎时，性伴侣也需要同时接受检查和治疗，否则容易出现反复感染的情况。一般建议性伴侣一同进行相关检查，如果确诊感染也需要进行相应治疗。治疗期间的生活注意： 在治疗滴虫性尿道炎期间，要避免性生活，同时要注意个人卫生，保持外阴清洁干燥，每天用清水清洗外阴，勤换内裤，内裤最好用开水烫洗后在阳光下暴晒，以起到杀菌的作用。
特殊人群的处理
孕妇： 孕妇患滴虫性尿道炎时用药需要谨慎，一般不建议在妊娠早期使用甲硝唑，因为可能会对胎儿有一定影响，需要在医生的指导下权衡利弊后选择合适的治疗方案，比如可能会选择相对安全的药物进行治疗。哺乳期女性： 哺乳期女性使用甲硝唑等药物时，需要考虑药物是否会通过乳汁影响婴儿，一般可能需要暂停哺乳，或者在医生评估后选择合适的用药时间和方式来进行治疗。