2岁宝宝发烧39℃，首先要进行药物治疗且需在医生指导下进行，同时配合物理降温，降温过程中要密切关注孩子状况。具体如下：
一、药物治疗：
1.对于发烧39℃的宝宝，可口服退烧药控制体温，如布洛芬或乙酰氨基酚，也可将退热栓塞入肛门治疗。
(1)若使用退烧药后温度显著下降，且无反复发烧情况，体温基本得到控制。
(2)若使用退烧药后体温下降不明显或总是反复发烧，则需前往医院检查，明确病因后进行针对性治疗。
二、物理降温：
1.可给孩子洗温水浴帮助散热。
2.用温水擦拭额头、腋下等部位降低宝宝体温。
3.让孩子多喝水，促进身体代谢，通过排尿形式帮助降温，但一定要注意保暖，防止着凉加重病情。
总之，对于2岁宝宝发烧39℃的情况，要及时采取有效的药物和物理降温措施，密切观察宝宝状态，根据具体情况进行相应处理。