衣原体和支原体感染的症状因感染部位不同而有所差异。男性感染衣原体或支原体时，可能出现尿道刺痒、灼痛，还可能有尿频、尿急，尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少，为浆液性或脓性，部分人症状不明显。女性感染后，宫颈是常见感染部位，可能出现宫颈充血、水肿、糜烂，有黏液脓性分泌物，阴道可能有白带增多、外阴瘙痒等表现，尿道感染时会有尿频、尿急、尿痛，排尿时有烧灼感。
泌尿生殖系统感染症状
男性泌尿生殖系统：除了尿道刺痒、灼痛等，部分人可能会出现附睾炎，表现为附睾肿大、疼痛、触痛明显。女性泌尿生殖系统：除了宫颈和尿道的相关症状外，盆腔炎也是可能出现的情况，会有下腹部疼痛、发热等症状，严重时可能影响生育。
呼吸道感染症状
肺炎衣原体感染：起病相对较缓，初期可能有咽痛、声音嘶哑等上呼吸道感染症状，然后逐渐出现咳嗽，多为干咳，可持续数周，可伴有发热、乏力、头痛等全身症状。支原体肺炎：起病较急，主要症状为咳嗽，多为刺激性干咳，夜间咳嗽较为明显，可伴有发热，体温可达38℃左右，可伴有头痛、咽痛、肌肉酸痛等症状。
眼部感染症状
沙眼衣原体感染：可引起沙眼，急性期表现为畏光、流泪、异物感，伴有较多的黏液或脓性分泌物，结膜充血水肿，乳头增生；慢性期可出现结膜瘢痕、眼睑内翻、倒睫等，严重时会影响视力。肺炎衣原体也可能引起眼部感染，出现结膜炎等表现，有眼部充血、分泌物增多等情况。