胃肠感冒主要是由病毒感染引起的，其中最常见的是柯萨奇病毒，同时伴有细菌混合感染，大约有10%-20%的胃肠感冒是由病毒和细菌共同作用导致的。
病毒感染是主因
柯萨奇病毒： 这是引发胃肠感冒的常见病毒之一，它会侵袭胃肠道，导致胃肠道功能紊乱。比如在人群密集的场所，如学校、幼儿园等，儿童容易通过接触被污染的物品等途径感染柯萨奇病毒，从而引发胃肠感冒。埃可病毒： 同样属于肠道病毒的一种，也会引起胃肠感冒相关症状。它可以通过水源、食物等传播，当人体摄入被埃可病毒污染的物质后，病毒在肠道内繁殖，影响肠道正常的消化和吸收功能。
环境因素易诱发
气温变化： 当气温突然降低时，人体的免疫力可能会受到一定影响，呼吸道和胃肠道的防御功能也会减弱，这时候就更容易受到病毒的侵袭。例如在季节交替的时候，早晚温差较大，如果没有及时增减衣物，就容易引发胃肠感冒。一般在季节交替时期，胃肠感冒的发病率会比平时有所升高，大约能高出20%-30%。居住环境不卫生： 如果室内卫生条件差，存在大量细菌和病毒，就会增加感染胃肠感冒的风险。比如室内长期不通风，灰尘堆积，一些病毒和细菌就会在这样的环境中滋生，人在这样的环境中停留时间较长，就容易感染引发胃肠感冒。
自身抵抗力影响
儿童抵抗力弱： 儿童的免疫系统还没有完全发育成熟，相对成人来说抵抗力较低，所以更容易患上胃肠感冒。比如3岁以下的儿童，其体内的免疫球蛋白等抗体水平较低，对病毒的抵御能力较差，患胃肠感冒的几率比成年人高很多。老年人抵抗力下降： 老年人随着年龄的增长，身体的各项机能逐渐衰退，包括免疫系统功能也会减弱，所以也容易受到病毒的侵袭而患上胃肠感冒。一般60岁以上的老年人，患胃肠感冒的概率比年轻人要高15%-20%左右。而且老年人患病后恢复相对较慢。