肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿源于肛腺阻塞感染。
肛腺感染引发的原因
肛腺开口位置： 肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦形似口袋，容易积存粪便或受到损伤，从而导致肛腺感染。比如，长期便秘的人，干结的粪便容易擦伤肛窦，就增加了肛腺感染的风险。肛腺感染蔓延： 肛腺感染后会向周围组织蔓延，因为肛周的组织间隙比较疏松，感染容易扩散。感染首先局限在肛腺周围，然后逐渐向肛周间隙发展，形成肛周脓肿。
身体免疫力低下导致
糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体的免疫力会受到影响，白细胞的吞噬功能下降，容易发生感染，包括肛周的肛腺感染，进而引发肛周脓肿。研究表明，糖尿病患者发生肛周脓肿的几率比正常人高2~3倍。长期使用免疫抑制剂人群： 像器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者，他们的免疫系统被抑制，对细菌等病原体的抵抗力减弱，容易受到肛腺感染的侵袭，从而引发肛周脓肿。
局部卫生不良的影响
不注意肛周清洁： 日常生活中如果不注意肛周清洁，粪便等污染物容易残留，为细菌滋生创造了条件。比如，有些人便后擦拭不彻底，就会导致肛周残留粪便，长期下去容易引起肛腺感染，进而导致肛周脓肿。穿着不透气衣物： 长期穿着紧身、不透气的内裤或裤子，会使肛周局部环境潮湿、闷热，有利于细菌的生长繁殖，增加了肛腺感染的机会，从而诱发肛周脓肿。尤其是在夏季，这种情况更为常见。