肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿与肛腺阻塞感染有关。
肛腺感染引发
肛腺位于肛管直肠周围，当肛窦受到损伤，比如粪便干结擦伤肛窦，细菌就容易侵入肛腺，引发肛腺炎。炎症如果得不到控制，会向周围组织蔓延，从而形成肛周脓肿。比如长期腹泻或者便秘的人，肛窦受到刺激损伤的概率增加，就更容易出现肛腺感染进而引发肛周脓肿。
其他感染因素导致
- 直肠炎波及：直肠发生炎症时，炎症可能会蔓延至周围的肛管直肠周围组织，引发肛周脓肿。例如溃疡性直肠炎患者，如果病情控制不佳，炎症扩散就有可能导致肛周脓肿的发生。
- 肛门周围皮肤感染：肛门周围皮肤的疖肿、毛囊炎等感染性病变，感染灶如果向深部蔓延，也可能引起肛周脓肿。比如皮肤表面的小脓疱，若没有得到及时有效的处理，细菌深入皮下组织，就可能发展为肛周脓肿。
全身疾病影响
- 糖尿病患者：糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体的抵抗力会下降，容易受到细菌感染。而且高血糖的环境有利于细菌生长繁殖，所以糖尿病患者发生肛周脓肿的风险比正常人要高。据统计，糖尿病患者患肛周脓肿的概率是非糖尿病患者的数倍。
- 免疫功能低下者：像艾滋病患者或者长期使用免疫抑制剂的人，自身免疫系统功能受到影响，对细菌的抵御能力减弱，容易发生各种感染，包括肛周脓肿。这类人群一旦出现肛周局部感染，就更易发展为肛周脓肿且病情可能相对较重。