肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染导致。
肛腺感染因素：
肛腺位置特点： 肛腺位于直肠肛管周围，开口于肛窦，而肛窦易受粪便损伤及细菌侵入，一旦肛窦感染，细菌就容易侵入肛腺，引发肛腺炎。比如，长期便秘的人，粪便容易擦伤肛窦，增加肛腺感染风险。感染蔓延： 肛腺感染后，炎症会向周围组织蔓延，形成肛周脓肿。感染可沿着肛管直肠周围的间隙扩散，因为这些间隙内含有疏松的结缔组织，容易让感染扩散。
身体抵抗力因素：
免疫力低下人群： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，容易受到细菌侵袭，发生肛周脓肿的几率比正常人高。一般来说，糖尿病患者血糖长期高于8.0mmol/L时，感染风险明显增加。婴幼儿群体： 婴幼儿的免疫系统尚未完全发育成熟，抵抗力较弱，也比较容易出现肛周脓肿。这是因为婴幼儿的肛腺相对较发达，且卫生护理若不到位，更易引发感染。
其他因素：
局部损伤因素： 肛门部位受到外伤，比如异物损伤、肛门直肠手术等，会使局部皮肤黏膜受损，细菌容易入侵，从而引发肛周脓肿。例如，肛门部位进行过有创操作的患者，术后若护理不当，就可能出现肛周感染形成脓肿。饮食习惯因素： 长期酗酒、爱吃辛辣刺激性食物的人，容易刺激肛门直肠部位，导致局部血管扩张，抵抗力下降，增加肛周脓肿的发生概率。有研究表明，每天摄入辛辣食物超过2次的人群，肛周脓肿的发病风险比一般人高约30%。