肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，肛腺开口在肛管齿线处的隐窝内，若隐窝被堵塞，肛腺分泌的液体排不出来，就容易引发感染，进而形成脓肿。据统计，约90%的肛周脓肿由肛腺感染所致。
肛腺感染相关因素
肛门局部卫生问题： 如果不注意肛门局部清洁，粪便等污物容易堆积在肛隐窝内，长时间刺激就会导致肛腺感染。比如有些人排便后擦拭不干净，就为肛腺感染创造了条件。腹泻与便秘影响： 长期腹泻会频繁刺激肛隐窝，使肛腺分泌增加且容易堵塞；而长期便秘时，干硬的大便通过肛管容易擦伤肛隐窝，也会引发肛腺感染。例如，有慢性腹泻病史的人，肛周脓肿的发病风险相对较高。
身体免疫力因素
免疫力低下人群： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体的抵抗力下降，容易受到细菌感染，包括肛腺的感染，从而增加肛周脓肿的发生几率。据研究，糖尿病患者患肛周脓肿的概率比正常人高2 - 3倍。长期熬夜人群： 长期熬夜会打乱人体的生物钟，影响免疫系统的正常功能，使身体抵御细菌的能力减弱，也容易让肛腺感染发展成肛周脓肿。比如一些经常熬夜加班的人，就更容易受到肛周脓肿的困扰。
其他感染扩散因素
邻近组织感染蔓延： 肛周皮肤的疖肿、毛囊炎等感染病灶，细菌可能会蔓延至肛腺周围，引发肛腺感染进而形成肛周脓肿。另外，直肠炎等直肠部位的炎症也可能波及肛腺，导致肛周脓肿。比如肛周皮肤有小的破损，被细菌感染后如果没有及时处理，就可能扩散到肛腺引发肛周脓肿。