灰指甲主要是由皮肤癣菌感染引起的，据统计，约有超过半数的灰指甲是由皮肤癣菌中的红色毛癣菌导致的。
真菌直接感染引起
皮肤癣菌感染：皮肤癣菌是引发灰指甲的主要病原菌，像红色毛癣菌、须癣毛癣菌等皮肤癣菌会侵犯指甲部位。它们会在指甲的角质层中生长繁殖，分解角质物质，从而破坏指甲的正常结构，导致指甲出现变色、增厚、变形等灰指甲的典型症状。比如红色毛癣菌，常常会从指甲周围的皮肤感染蔓延到指甲，逐步侵蚀指甲。酵母菌感染：某些酵母菌也可引起灰指甲，如白念珠菌。白念珠菌通常在人体免疫力下降或者指甲周围皮肤有破损时，容易侵犯指甲。它会在指甲局部大量繁殖，引发指甲的病变，使得指甲变得浑浊、易碎等。
自身其他部位真菌感染蔓延
手足癣蔓延：如果本身患有手足癣，没有得到及时有效的治疗，真菌就有可能从手部或者脚部的皮肤感染部位蔓延到指甲。因为手足癣和灰指甲的病原菌有很多是相同的，当手足癣的真菌持续侵袭皮肤和指甲时，就会逐步引发灰指甲。例如，手部患有严重的水疱型手足癣，真菌会慢慢向指甲方向扩散，最终导致灰指甲的发生。体癣等其他部位癣病传播：身体其他部位患有体癣等癣病，其携带的真菌也可能传播到指甲部位。比如患有体癣，真菌可以通过直接接触或者间接接触的方式传播到指甲周围，进而感染指甲引发灰指甲。比如共用毛巾、拖鞋等物品，就可能导致体癣的真菌传播到指甲处。
环境因素影响
潮湿环境利于真菌生长：长期处于潮湿的环境中，比如经常在潮湿的车间工作、脚部长期被汗水浸渍等情况，会为真菌的生长提供良好的条件。因为潮湿的环境适合皮肤癣菌等真菌生存繁殖，指甲长时间处于这样的环境下，就更容易受到真菌感染而引发灰指甲。例如，一些从事水产养殖工作的人，由于工作环境潮湿，他们患灰指甲的几率相对较高。公共场合接触易感染：在公共浴池、游泳池、足疗店等公共场合，由于多人共用物品，很容易接触到带有真菌的污染物。如果指甲或者指甲周围的皮肤有微小破损，就容易感染上真菌，从而引发灰指甲。比如在公共浴池光着脚行走，就可能接触到地面上携带真菌的污水，增加感染灰指甲的风险。