肌肉斜颈主要是由于多种因素导致颈部一侧胸锁乳突肌纤维化、挛缩引起的。其中，宫内胎位不正较为常见，比如胎儿在子宫内头部向一侧偏斜，就可能使胸锁乳突肌受到压迫，进而影响其正常发育，大约有1/3的肌肉斜颈患儿在胎儿时期就存在这种宫内姿势异常情况。
先天发育因素
胎儿时期的异常：除了宫内胎位不正，胎儿在发育过程中，如果胸锁乳突肌内的血管发生栓塞，导致局部缺血、坏死，随后纤维组织增生，也会引发肌肉斜颈。这种情况在胎儿发育到一定阶段时就可能逐渐显现。遗传因素影响：有研究发现，肌肉斜颈可能存在一定的遗传倾向，如果家族中有亲属曾患肌肉斜颈，那么后代患病的风险可能会相对增高，但具体的遗传机制还在进一步研究中。
分娩过程因素
难产时的损伤：在分娩过程中，如果胎儿头部受到过度的牵拉，比如臀位分娩时，胎儿头部被拉出的过程中，胸锁乳突肌容易受到损伤，导致出血、血肿，之后血肿机化、纤维化，就会引起肌肉斜颈。据统计，约有1/5的肌肉斜颈患儿是在分娩过程中受到损伤导致的。产钳助产的影响：使用产钳助产时，如果操作不当，也可能对婴儿的胸锁乳突肌造成损伤，进而引发肌肉斜颈。这种情况虽然相对胎位不正和血管栓塞等因素比例稍低，但也是导致肌肉斜颈的一个重要分娩相关因素。
后天因素影响
姿势不良：婴儿出生后，如果长期保持不正确的睡姿或抱姿，比如总是偏向一侧睡觉或被抱成一侧姿势，也可能诱发肌肉斜颈。例如，有的家长总是让婴儿朝向同一侧，导致颈部一侧肌肉长期处于紧张状态，时间久了就可能出现肌肉斜颈的情况。不过这种后天因素导致的肌肉斜颈相对先天因素来说比例较低，但也不容忽视。疾病影响：某些颈部的感染性疾病，比如颈部淋巴结炎等，可能会波及胸锁乳突肌，引起肌肉的炎症反应，后期炎症消退后可能导致肌肉挛缩，从而引发肌肉斜颈。但这种因疾病导致的肌肉斜颈相对较为少见。