软疣主要通过局部治疗来去除，一般可以采用夹除术，这是比较常用的方法，通常在医院由医生操作，几分钟就能处理一个。
局部治疗方法
镊子夹除： 医生会用镊子将软疣小体逐个夹破，挤出内容物，然后外涂2%碘酊，以防细菌感染。不过夹除时可能会有轻微疼痛。刮除术： 用刮匙将软疣刮除，然后涂以碘酊等消毒剂，也能达到去除软疣的目的。
药物辅助治疗
抗病毒药物： 对于免疫力较低容易复发软疣的患者，可在医生指导下使用一些抗病毒药物辅助治疗，比如酞丁安霜等，它可以抑制病毒的复制，但起效相对较慢，可能需要连续使用数周。免疫调节剂： 当患者自身免疫力差时，可使用免疫调节剂，如左旋咪唑等，不过这类药物使用时需要严格遵循医生的建议，因为它可能会有一些副作用，比如可能会引起胃肠道不适等。
日常注意事项
避免搔抓： 软疣具有传染性，搔抓会导致自身接种，使软疣扩散增多。所以要尽量避免搔抓患病部位，防止病情加重。注意个人卫生： 要保持皮肤清洁，勤洗澡、勤换衣物。不与他人共用毛巾、浴巾等个人物品，防止传染给他人。增强免疫力： 平时要注意均衡饮食，保证充足的睡眠，适度进行体育锻炼，以提高自身的免疫力，这有助于预防软疣的复发以及促进病情的恢复。例如每天保证7 - 8小时的睡眠时间，每周进行3 - 5次适量的运动，像慢跑、游泳等。