结膜炎的眼药水选择需根据病因来定，一般细菌性结膜炎可选用抗生素类眼药水，如左氧氟沙星滴眼液，它能有效抑制细菌生长繁殖，通常在医生指导下使用，多数患者使用后能较快缓解症状；病毒性结膜炎可选用抗病毒类眼药水，如更昔洛韦滴眼液，能对抗病毒，帮助减轻眼部炎症等不适，一般用药疗程可能持续数天到一周左右。
细菌性结膜炎适用眼药水
左氧氟沙星滴眼液：属于喹诺酮类抗生素，通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用。它对多种引起细菌性结膜炎的常见细菌有良好的抗菌活性，能快速减轻眼部的红肿、疼痛、分泌物增多等症状，一般用药后1-2天能看到症状改善迹象。妥布霉素滴眼液：也是常用的针对细菌性结膜炎的抗生素眼药水，对革兰氏阳性菌及阴性菌都有作用，可有效杀灭引起结膜炎的相关病菌，使用时要注意按照医嘱规律用药，一般每天使用3-4次，每次1-2滴。
病毒性结膜炎适用眼药水
更昔洛韦滴眼液：是抗病毒类药物，能特异性抑制病毒DNA合成。它主要针对病毒性结膜炎，比如腺病毒引起的结膜炎，使用后可以抑制病毒在眼部细胞内的复制，缓解眼睛的异物感、流泪、畏光等症状，一般需要连续使用数天，具体时长根据病情严重程度而定。阿昔洛韦滴眼液：同样用于治疗病毒性结膜炎，通过干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒的复制过程。它对单纯疱疹病毒性结膜炎等有较好的疗效，使用频率一般也是每天3-5次，每次1-2滴，用药过程中要注意观察眼部反应。
过敏性结膜炎适用眼药水
富马酸依美斯汀滴眼液：属于抗组胺类眼药水，能选择性地结合组胺H1受体，阻断组胺引起的过敏反应，缓解过敏性结膜炎引起的眼痒、红肿等症状，通常用药后很快就能减轻不适，一般每天使用2次，每次1滴。色甘酸钠滴眼液：主要是通过稳定肥大细胞，抑制肥大细胞脱颗粒，从而阻止过敏介质释放，来预防和治疗过敏性结膜炎。它适用于有过敏体质的人群预防过敏性结膜炎发作，在接触过敏原之前使用可能效果更好，一般每天使用3-4次，每次1-2滴。
慢性结膜炎适用眼药水
氟米龙滴眼液：属于糖皮质激素类眼药水，具有抗炎作用，对于一些慢性非感染性的结膜炎，如由免疫因素引起的慢性结膜炎有较好的抗炎效果，能减轻眼部的炎症反应，但要注意长期使用可能会有眼压升高等副作用，所以需要在医生的密切监测下使用，一般根据病情调整使用频率，可能从每天数次逐渐减量。羟糖甘滴眼液：除了有一定的润滑作用外，对于一些伴有眼表损伤的慢性结膜炎也有辅助治疗作用，它可以补充眼表的泪液成分，缓解眼部的干涩等不适，一般可以按需使用，觉得眼睛干涩时就可以滴用。