治结膜炎没有绝对最好的眼药水，需根据不同类型选择。细菌性结膜炎常用左氧氟沙星滴眼液等，一般用药后1 - 2天症状可改善；病毒性结膜炎可选用阿昔洛韦滴眼液等，通常需要1 - 2周恢复。
细菌性结膜炎适用眼药水
左氧氟沙星滴眼液： 属于喹诺酮类抗生素，能抑制细菌DNA旋转酶，从而阻碍细菌DNA复制，起到杀菌作用，可有效治疗由敏感菌引起的细菌性结膜炎，一般每天点4 - 6次，每次1 - 2滴。妥布霉素滴眼液： 对革兰阴性菌有较好的抗菌活性，适用于细菌性结膜炎的治疗，使用时一般每4 - 8小时滴眼1次，每次1 - 2滴。
病毒性结膜炎适用眼药水
阿昔洛韦滴眼液： 是一种合成的嘌呤核苷类似物，能干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒的复制，对单纯疱疹病毒性结膜炎有良好的治疗效果，通常白天每1 - 2小时点眼1次，晚上可适当减少次数。更昔洛韦滴眼液： 同样针对病毒发挥作用，能竞争性抑制病毒DNA多聚酶，并掺入病毒及宿主细胞的DNA中，阻止病毒DNA合成，用于治疗病毒性结膜炎，用法一般是每2小时滴眼1次。
过敏性结膜炎适用眼药水
富马酸依美斯汀滴眼液： 为相对选择性的组胺H1受体拮抗剂，可缓解过敏性结膜炎的症状，通常推荐量为患眼每次1滴，每日2次，如果需要，可增加到每日4次。色甘酸钠滴眼液： 能稳定肥大细胞的细胞膜，阻止肥大细胞脱颗粒，从而抑制组胺、5 - 羟色胺、慢反应物质等过敏反应介质的释放，预防过敏性结膜炎的发作，一般每日滴用4次，每次1 - 2滴。