牙齿根部出现小洞，可能是龋病所致，其形成受细菌、饮食、宿主、时间等因素共同影响。口腔内若能直接观察到，需及时到医院口腔科治疗，且要根据具体情况选择不同方法。
一、若小洞较浅且牙神经未受感染破坏，需去除局部腐质，而后采用填充树脂等方式补牙，通常一次治疗可逐渐恢复。这是因为此时龋坏程度较轻，去除腐质后填充能有效修复牙齿。
二、若小洞位于龈下，可能需用电刀切除部分牙龈，或塞入排龈线以暴露龋洞边缘，从而便于补牙。这种情况相对复杂一些，需要通过这些手段来更好地处理龋洞。
三、若牙齿根部小洞位于龈下较深处，牙齿松动且伴有牙龈萎缩、牙根暴露疼痛等状况，可能需根据病情进行牙齿拔除。因为此时牙齿的状况较为严重，保留的难度较大。
总之，当发现牙齿根部有小洞时，一定要及时去医院就诊和接受治疗。牙齿根部出现小洞表明患者日常刷牙清洁不彻底，或未定期进行洗牙等口腔卫生维护。患者需要学会正确的刷牙方法，做到早晚刷牙、饭后漱口，并定期检查口腔，发现问题及时治疗，如此才能保护牙齿健康，防止牙齿疾病进一步发展，避免出现需要拔除牙齿的情况。