睾丸附睾炎的治疗需根据病情采取不同措施。一般来说，急性睾丸附睾炎多由细菌感染引起，患者常需使用抗生素治疗。
药物治疗方面
抗生素选择： 常用的有喹诺酮类抗生素，如左氧氟沙星等，这类药物能抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用。也可使用头孢类抗生素，像头孢克肟，它能破坏细菌细胞壁，达到杀菌效果。
一般治疗注意事项
休息与抬高阴囊： 患病期间要注意多休息，避免剧烈运动。同时可以将阴囊抬高，这样有助于促进血液回流，减轻阴囊的肿胀疼痛，一般建议卧床时用枕头等把阴囊垫高。急性期患者通常需要休息1 - 2周左右。局部冷敷与热敷： 在发病初期，可进行局部冷敷，每次冷敷15 - 20分钟，每天3 - 4次，能起到减轻肿胀和疼痛的作用。而在发病48小时后，可改为热敷，促进血液循环，帮助炎症消退，热敷温度一般控制在40℃左右。
手术治疗情况
手术指征： 如果睾丸附睾炎病情较为严重，出现脓肿等情况，可能需要进行手术治疗。比如脓肿较大，直径超过2 - 3厘米时，就可能需要通过手术切开引流，排出脓液，促进病情恢复。手术一般是在局部麻醉或硬膜外麻醉下进行。