胃肠神经官能症的治疗需综合多方面，一般可通过心理调节、药物辅助等方式改善。其中心理治疗很重要，约有60% - 70%的患者通过心理干预能有一定程度的缓解。
心理治疗方法
认知行为疗法： 通过帮助患者认识负面思维和行为模式，调整心态。比如让患者学习识别自己在面对胃肠不适时的焦虑等负面情绪产生的过程，然后逐步改变应对方式。放松训练： 像深呼吸放松法，患者每天可进行2 - 3次，每次10 - 15分钟，通过缓慢的深呼吸，让身体和精神放松，缓解因胃肠神经官能症带来的紧张情绪。
药物辅助治疗
调节胃肠动力药物： 多潘立酮可促进胃肠蠕动，改善腹胀、早饱等症状。它能增强胃蠕动，加快胃排空。调节内脏感觉药物： 曲美布汀能调节胃肠道运动及感觉功能，对胃肠神经官能症引起的腹痛、腹泻等有一定缓解作用。
生活方式调整
饮食规律： 每天尽量定时进餐，每餐食量要适中，避免过饱或过饥。一般建议每日三餐规律，早餐7 - 8点，午餐11 - 12点，晚餐18 - 19点左右比较合适。避免刺激性食物： 要减少摄入辛辣、油腻、咖啡、酒精等刺激性食物。比如辛辣食物会刺激胃肠黏膜，加重胃肠神经官能症的不适症状，应尽量避免。适度运动： 每周进行3 - 5次有氧运动，每次30分钟左右，如散步、慢跑等。运动可以促进胃肠蠕动，改善胃肠功能，同时也有助于缓解压力和焦虑情绪。