治疗胃肠神经官能症可以通过多种方法综合进行，一般可从心理调节、药物辅助、生活方式调整等方面入手。比如心理调节方面就很关键，约有一半以上的胃肠神经官能症患者通过心理调整能有一定改善。
心理调节很重要
情绪管理： 患者要学会自我调节情绪，避免长期处于焦虑、紧张、抑郁等不良情绪中。可以通过听舒缓的音乐、深呼吸等方式来放松自己，每天进行15 - 30分钟的深呼吸练习，能帮助缓解身体的紧张感，对胃肠神经官能症的改善有帮助。心理疏导： 必要时可寻求专业心理医生的帮助，进行心理疏导。心理医生会根据患者的具体情况，采用认知行为疗法等方式，帮助患者改变不良的思维和行为模式，一般每周进行1 - 2次的心理疏导，坚持一段时间能看到效果。
药物辅助治疗
调节胃肠动力药物： 如多潘立酮，它可以促进胃肠蠕动，改善腹胀、早饱等症状。这类药物能增强胃肠道的排空能力，一般在饭前15 - 30分钟服用。调节神经的药物： 像谷维素，它对自主神经功能有一定的调节作用，有助于改善胃肠神经官能症引起的神经功能紊乱情况，一般每次服用10 - 20毫克，每天3次。
生活方式调整
饮食规律： 要定时定量进餐，每天尽量固定吃饭的时间，比如早餐7 - 8点，午餐11 - 12点，晚餐18 - 19点左右。同时要注意饮食的均衡，多吃蔬菜水果，少吃辛辣、油腻、刺激性食物，如辣椒、油炸食品等，这类食物容易刺激胃肠道，加重胃肠神经官能症的症状。适度运动： 坚持适度的运动，如散步、慢跑等。每天可以进行30分钟左右的散步，每周至少进行3 - 5次。运动能促进胃肠蠕动，增强身体的免疫力，对胃肠神经官能症的恢复有积极作用。