巩膜炎的病因较为复杂，可能与多种因素有关。一般来说，自身免疫性疾病是引发巩膜炎的常见原因之一，比如类风湿关节炎患者中约有10%会并发巩膜炎。
自身免疫性疾病相关
类风湿关节炎： 这是一种以侵蚀性、对称性多关节炎为主要临床表现的慢性、全身性自身免疫性疾病。当人体免疫系统出现异常攻击关节组织时，也可能波及巩膜，导致巩膜炎发生。研究发现，类风湿关节炎患者体内存在多种自身抗体，这些抗体参与了炎症反应，进而可能影响到巩膜组织。系统性红斑狼疮： 这是一种累及多系统多器官的自身免疫性疾病，患者体内会产生大量自身抗体，累及巩膜时就可能引发巩膜炎。系统性红斑狼疮的发病与遗传、环境、雌激素等多种因素相关，在患病过程中，免疫系统紊乱导致对自身组织的攻击，巩膜也可能成为被攻击的目标。
感染因素相关
细菌感染： 某些细菌感染可能诱发巩膜炎。例如，葡萄球菌感染就有可能波及巩膜引发炎症。当葡萄球菌侵入人体后，会引发机体的免疫反应，这种免疫反应如果波及巩膜，就会导致巩膜出现炎症表现，如眼睛发红、疼痛等症状。病毒感染： 一些病毒感染也与巩膜炎的发生有关。比如单纯疱疹病毒感染，当人体感染单纯疱疹病毒后，病毒在体内复制繁殖，可能引发免疫反应，从而影响到巩膜，导致巩膜炎的出现。
代谢性疾病相关
痛风： 痛风是由于嘌呤代谢紊乱和（或）尿酸排泄障碍所致的一组异质性疾病。当痛风患者体内尿酸水平过高时，尿酸盐结晶可能沉积在巩膜等组织中，引起局部的炎症反应，进而导致巩膜炎。长期高尿酸血症是痛风发病的重要基础，尿酸盐结晶在关节外组织的沉积是引发痛风性关节炎等表现的关键，巩膜也可能受到尿酸盐结晶的影响而发生炎症。糖尿病： 糖尿病患者如果血糖控制不佳，长期处于高血糖状态，会影响身体的微循环等功能。巩膜的血管等组织受到影响后，容易发生炎症反应，增加患巩膜炎的风险。高血糖环境会影响细胞的正常代谢等功能，导致巩膜组织的抵抗力下降，容易受到各种致病因素的侵袭而引发炎症。