巩膜炎的病因较为复杂，可能由多种因素引起。一般来说，约50%的巩膜炎患者可能与自身免疫性疾病相关。
自身免疫性疾病相关
类风湿关节炎引起： 类风湿关节炎是常见的自身免疫性疾病，约有10%的类风湿关节炎患者会并发巩膜炎。患者体内的自身抗体攻击关节及眼部组织，导致巩膜发生炎症反应。系统性红斑狼疮导致： 系统性红斑狼疮患者中，约5% - 10%会出现巩膜炎。由于自身免疫系统紊乱，产生多种自身抗体，累及巩膜引发炎症。
感染因素引发
细菌感染： 葡萄球菌等细菌感染可引起巩膜炎。例如，金黄色葡萄球菌感染眼部后，可能蔓延至巩膜，引发局部的炎症反应，出现眼红、眼痛等症状。病毒感染： 单纯疱疹病毒感染也可能导致巩膜炎。当人体免疫力下降时，潜伏在体内的单纯疱疹病毒被激活，侵犯巩膜组织，引起炎症。
代谢性疾病关联
痛风所致： 痛风患者血液中尿酸水平升高，尿酸盐结晶可沉积在巩膜等组织中，刺激巩膜引发炎症。据统计，约1% - 2%的痛风患者会并发巩膜炎。甲状腺疾病相关： 甲状腺功能亢进或减退等甲状腺疾病，可能通过免疫调节异常等机制，导致巩膜发生炎症反应。
局部邻近组织炎症蔓延
角膜炎蔓延： 角膜炎如果没有得到及时有效的治疗，炎症可能向周围组织蔓延，累及巩膜，引发巩膜炎。比如细菌性角膜炎长期不愈，就有可能波及巩膜。葡萄膜炎波及： 葡萄膜炎与巩膜关系密切，葡萄膜炎的炎症因子等可能扩散至巩膜，引起巩膜的炎症。