直肠脱垂的治疗方法需根据病情严重程度来定。一般来说，轻度直肠脱垂可通过非手术治疗改善，中重度可能需要手术干预。
非手术治疗方式
一般治疗：
儿童直肠脱垂：多数可在5岁前自愈，所以要注意让孩子养成良好排便习惯，避免长时间蹲便，排便时间控制在5分钟内较好。同时，加强营养，促进身体发育。成人轻中度脱垂：要积极治疗便秘、咳嗽等可增加腹压的疾病，减少腹压对直肠的影响。
注射治疗：
硬化剂注射：常用的硬化剂有5%石炭酸植物油等。通过将硬化剂注射到直肠黏膜下或直肠周围，使直肠与周围组织粘连固定。对于部分轻度直肠脱垂患者有效，但可能存在复发情况，一般复发率在10% - 20%左右。不过该方法相对创伤小，适用于不能耐受手术的老年人等。
手术治疗情况
经腹手术：
直肠悬吊固定术：适用于重度直肠脱垂患者。手术是将直肠向上悬吊并固定在骶骨前筋膜等部位，从根本上解决直肠脱垂问题。但手术有一定风险，如可能损伤周围组织，术后恢复时间相对较长，一般需要住院1 - 2周左右，且费用因地区和医院不同有所差异，大概在1万 - 3万元左右。
经会阴手术：
直肠黏膜环切术：主要针对直肠黏膜松弛导致的脱垂。手术通过切除多余的直肠黏膜，然后进行吻合，使直肠恢复正常形态。该手术相对经腹手术创伤较小，恢复较快，住院时间一般在7 - 10天左右，费用大概在8000 - 1.5万元左右，但也存在一定的复发可能。