直肠粘膜内脱垂的治疗方法需根据病情轻重来定。一般来说，轻度的直肠粘膜内脱垂可以通过非手术治疗来缓解，而重度的可能需要手术干预。
非手术治疗方式
一般治疗：
饮食调整： 要多吃富含膳食纤维的食物，像蔬菜、水果、全麦面包等，每天保证摄入足够的膳食纤维，一般建议成人每天膳食纤维摄入量在25~30克左右，这样能保持大便通畅，减少排便时对直肠粘膜的压力。排便习惯培养： 养成定时排便的习惯，尽量每天在固定时间去厕所排便，每次排便时间不宜过长，最好控制在5分钟以内，避免长时间蹲厕增加腹压。
药物治疗：
中药调理： 一些具有补气升提作用的中药可能对直肠粘膜内脱垂有一定帮助，比如补中益气汤加减等方剂，不过需要在中医师的辨证指导下使用。局部用药： 可以使用一些直肠栓剂，起到消肿、止痛、促进局部血液循环的作用，缓解脱垂带来的不适症状，但具体用药需遵医嘱。
手术治疗情况
吻合器痔上粘膜环切术（PPH）：
适用情况： 对于重度的直肠粘膜内脱垂，PPH是一种常用的手术方法。它是通过吻合器环形切除直肠下端粘膜和粘膜下组织，同时进行向上悬吊固定，从而恢复直肠正常解剖结构。术后注意： 术后要注意观察有无出血、感染等并发症，一般术后需要住院观察一段时间，通常为3~5天左右，恢复时间大概需要1~2周。
直肠粘膜纵行折叠术：
操作原理： 这种手术是将脱垂的直肠粘膜纵行折叠缝合，使松弛的粘膜缩短、加固，减少脱垂。手术特点： 手术相对简单，创伤较小，适用于轻度至中度的直肠粘膜内脱垂患者。术后恢复较快，一般术后1周左右可以出院，完全恢复大概需要1个月左右。