肠道紊乱时可使用的药物需根据具体症状来选择。一般来说，若有腹泻症状，可考虑使用蒙脱石散等止泻药物；若有消化不良情况，可使用健胃消食片等促进消化的药物。但具体用药最好在医生指导下进行。
一、针对腹泻的药物
蒙脱石散： 这是常用的止泻药物，它可以在肠道内形成一层保护膜，吸附肠道内的病毒、细菌及其产生的毒素等，从而达到止泻的作用。成人及儿童都可使用，但儿童使用时需注意剂量。一般来说，成人每次服用1袋（3克），每日3次；儿童1岁以下每日1袋，分3次服；1 - 2岁每日1 - 2袋，分3次服；2岁以上每日2 - 3袋，分3次服。黄连素片： 对于肠道细菌感染引起的腹泻有一定疗效。它能对抗病原微生物，对多种细菌如痢疾杆菌、大肠杆菌等有抑制作用。成人常用量为一次0.1 - 0.3克，一日3次。但需要注意的是，孕妇及哺乳期妇女慎用，溶血性贫血患者及葡萄糖 - 6 - 磷酸脱氢酶缺乏患者禁用。
二、针对消化不良的药物
健胃消食片： 由太子参、陈皮、山药、麦芽（炒）、山楂等成分组成，具有健胃消食的作用，可用于脾胃虚弱所致的食积，症见不思饮食、嗳腐酸臭、脘腹胀满等。成人一次4 - 6片，儿童2 - 4岁一次2片，5 - 8岁一次3片，9 - 14岁一次4片，一日3次。在服用期间，应注意饮食清淡，忌食辛辣、生冷、油腻食物。多酶片： 含有胰酶和胃蛋白酶，胰酶中含有淀粉酶、脂肪酶和蛋白酶，胃蛋白酶能使蛋白质转化为蛋白胨，二者合用，可促进消化，增进食欲。成人一次2 - 3片，一日3次。服用时应注意整片吞服，若嚼碎服用，可使胃蛋白酶失效。
三、调节肠道菌群的药物
双歧杆菌四联活菌片： 主要成分是婴儿双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌，这些有益菌可直接补充人体正常生理细菌，在肠道形成生物屏障，抑制肠道中某些致病菌，促进肠道蠕动，调整肠道菌群平衡。成人一次3片，一日3次。温开水送服，避免与抗菌药物同服，若必须服用，需间隔2 - 3小时。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以活菌进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌有促进生长作用，从而调整肠道菌群失调，改善肠道微生态环境。成人一次2粒，一日3次，首次剂量可加倍。服用时也应避免与抗菌药物同服，若需服用，间隔时间建议在3小时以上。