肠道功能紊乱可以使用一些调节肠道菌群、缓解症状的药物。比如常用的有双歧杆菌四联活菌片、枯草杆菌二联活菌颗粒等调节肠道菌群的药物，还有蒙脱石散可以用于止泻。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 它含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能补充肠道有益菌群，调节肠道菌群平衡，改善肠道功能紊乱引起的腹泻、便秘等症状。一般适用于肠道菌群失调相关的肠道功能紊乱情况。枯草杆菌二联活菌颗粒： 里面包含枯草杆菌和屎肠球菌，可直接补充正常生理活菌，抑制肠道内有害细菌过度繁殖，调整肠道菌群，对肠道功能紊乱有一定的调节作用，常用于因肠道菌群失调导致的腹泻、便秘、腹胀等。
缓解症状类药物
蒙脱石散： 这是一种止泻药，它可以在肠道内形成一层保护膜，吸附肠道内的病毒、细菌及其产生的毒素等，从而达到止泻的效果，常用于肠道功能紊乱引起的腹泻症状。不过，过量服用可能会引起便秘，所以要按照正确剂量使用。复方消化酶胶囊： 能促进食物消化，增进食欲，用于因消化功能紊乱引起的腹胀、早饱、恶心、呕吐等症状。它是通过补充人体缺乏的消化酶，帮助消化食物中的蛋白质、脂肪和碳水化合物等，从而改善肠道功能紊乱带来的消化相关不适。
针对特定症状的药物
用于腹痛的药物： 比如匹维溴铵片，它是一种胃肠道选择性钙通道阻滞剂，能缓解肠道平滑肌痉挛引起的腹痛，对肠道功能紊乱导致的腹痛有一定的缓解作用。它主要是通过抑制钙离子流入肠道平滑肌细胞，来松弛肠道平滑肌，从而减轻腹痛症状。用于便秘的药物： 乳果糖口服溶液可用于调节肠道功能，治疗慢性便秘。它在结肠中被消化道细菌分解成低分子量的有机酸，导致肠道内pH值下降，并通过渗透作用增加结肠内容量，起到缓泻作用，适用于肠道功能紊乱引起的便秘情况，但糖尿病患者要慎用，因为乳果糖含有一定糖分。