肠道功能紊乱可以使用一些调节肠道菌群的药物等，比如常用的有双歧杆菌四联活菌片等。一般来说，通过合理用药能在一定程度上改善肠道功能紊乱的状况。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 它含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能补充肠道有益菌群，调节肠道菌群平衡，改善肠道功能紊乱引起的腹胀、腹泻或便秘等症状。这类药物对于因肠道菌群失调导致的肠道功能紊乱有较好的调节作用。枯草杆菌二联活菌颗粒： 其中含有枯草杆菌和肠球菌等，可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道内菌群失调的目的，对肠道功能紊乱有一定的缓解作用。
缓解胃肠动力类药物
多潘立酮： 能促进胃肠道的蠕动，加快胃的排空，可缓解因胃肠动力不足引起的腹胀、早饱、恶心、呕吐等肠道功能紊乱相关症状。它主要是通过作用于胃肠壁，增加胃肠道的蠕动和张力，促进胃排空。莫沙必利： 也是促进胃肠动力的药物，能刺激乙酰胆碱的释放，增强胃肠道运动，改善功能性消化不良、胃食管反流病等引起的肠道功能紊乱症状，比如改善腹胀、腹痛、烧心等情况。
针对腹痛等症状的药物
匹维溴铵： 是一种对胃肠道具有高度选择性解痉作用的钙拮抗药，主要作用于胃肠道的平滑肌，能缓解肠道功能紊乱引起的腹痛症状。它可以特异性地阻断胃肠道平滑肌细胞的钙通道，降低细胞内钙含量，从而解除平滑肌痉挛，起到止痛的效果。曲美布汀： 能调节胃肠道运动功能，对胃肠道运动具有双向调节作用，既可以抑制运动亢进肌群的运动，又可以增强运动低下肌群的运动，适用于肠道功能紊乱引起的食欲不振、恶心、呕吐、嗳气、腹胀、腹痛、腹泻、便秘等多种症状。需要注意的是，药物的使用应该在医生的指导下进行，因为不同的肠道功能紊乱原因可能需要不同的药物治疗，而且每个人的身体状况不同，对药物的反应也不一样。同时，除了药物治疗外，保持良好的生活习惯，如规律作息、合理饮食等也有助于改善肠道功能紊乱的状况。