女性长扁平疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，尤其是低危型HPV，比如HPV3型等。据统计，约65%的扁平疣患者是通过直接或间接接触传播感染HPV导致发病的。
感染途径方面
直接接触传播： 比如与长有扁平疣的人密切接触，像一起握手、共用毛巾等，就有可能被感染HPV从而引发扁平疣。如果女性经常和长扁平疣的人有身体上较亲密的接触，就增加了感染风险。间接接触传播： 接触被HPV污染的物品也会感染，比如使用了被患者污染的文具、餐具等。女性在公共场合使用了被HPV污染的公共用品，就可能感染病毒长扁平疣。
自身免疫力因素
免疫力低下时易发病： 当女性的身体免疫力比较低时，比如长期熬夜、过度劳累、患有慢性疾病等情况，身体对HPV的抵御能力下降，就更容易感染HPV进而长出扁平疣。像有些女性经常熬夜加班，作息不规律，免疫力降低，就比作息正常的人更易长扁平疣。青春期女性需留意： 青春期女性由于身体内分泌等发生变化，免疫系统相对不稳定，也是扁平疣的高发人群之一。这一时期的女性要特别注意自身免疫力的维护，降低长扁平疣的风险。
皮肤破损相关因素
皮肤有微小破损易感染： 女性的皮肤如果有微小的破损，比如搔抓、外伤等造成皮肤屏障受损，此时HPV就更容易侵入皮肤细胞，从而引发扁平疣。比如有的女性爱搔抓皮肤，皮肤出现小破损后就可能感染HPV长扁平疣。特殊皮肤状况影响： 本身皮肤比较敏感、容易受伤的女性，相对来说更易因为皮肤破损而感染HPV长扁平疣。这类女性在日常生活中要更加注意保护皮肤，避免皮肤受损。