女性长扁平疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，其中HPV - 3型是主要的致病类型。据统计，约65%的扁平疣患者是通过直接或间接接触传播感染上病毒的。
病毒传播途径方面
直接接触传播： 比如与长有扁平疣的人皮肤直接接触，就有可能被感染。如果女性经常和长扁平疣的人有肢体接触，像握手等，就存在感染风险。间接接触传播： 通过接触被HPV污染的物品，也能引发感染。例如共用毛巾、浴巾等个人物品，若毛巾上带有HPV病毒，女性使用后就可能被传染。
自身免疫力因素方面
免疫力低下时易发病： 当女性自身免疫力较低时，比如长期熬夜、过度劳累、患有慢性疾病等情况，身体对HPV病毒的抵御能力下降，就更容易感染长扁平疣。长期熬夜的女性，身体各项机能调节紊乱，免疫力会明显降低，感染HPV长扁平疣的几率会比作息规律的女性高。青春期女性需留意： 青春期女性由于身体内分泌变化等原因，免疫力相对不稳定，也是扁平疣的高发人群之一。青春期女性体内激素水平波动较大，这会影响免疫系统的功能，使得感染HPV长扁平疣的可能性增加。
皮肤受损情况方面
皮肤有微小破损易感染： 当女性皮肤有微小破损时，比如搔抓、外伤等，HPV病毒就更容易侵入皮肤细胞引发感染。如果女性经常搔抓皮肤，导致皮肤出现小的破损，这时候接触到HPV病毒，就很容易长扁平疣。频繁化妆护肤刺激皮肤： 一些女性频繁化妆、使用刺激性较强的护肤品，可能会破坏皮肤的屏障功能，使皮肤更容易受到HPV病毒的侵袭。比如有些女性频繁更换化妆品，其中的某些成分可能会刺激皮肤，导致皮肤屏障受损，增加长扁平疣的风险。