女性长扁平疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，尤其是HPV - 3型等亚型病毒。据统计，扁平疣好发于青少年等人群。
病毒感染途径
直接接触感染： 比如与长有扁平疣的人直接皮肤接触，就有可能被传染上HPV病毒。例如在日常生活中，和患有扁平疣的人握手等近距离接触，就存在感染风险。间接接触感染： 通过接触被HPV污染的物品，像共用毛巾、衣物等，也可能引发感染。比如在公共浴室使用了被病毒污染的毛巾，就可能感染HPV从而长扁平疣。
自身免疫力因素
免疫力低下时易发病： 当女性身体免疫力比较低的时候，比如长期熬夜、过度劳累、患有慢性疾病等情况，身体对HPV病毒的抵御能力下降，就更容易感染HPV并长出扁平疣。像长期熬夜的女性，连续熬夜超过1个月，身体免疫力会明显降低，长扁平疣的几率就会增加。青春期女性高发： 青春期女性由于体内激素水平变化等原因，相对来说免疫力可能会出现波动，也是扁平疣的高发人群之一。这一时期女性内分泌等处于不稳定阶段，容易受HPV感染长扁平疣。
皮肤屏障受损影响
皮肤破损易感染： 当女性皮肤有破损时，比如被划伤、擦伤等，皮肤的屏障功能被破坏，HPV病毒就更容易侵入皮肤细胞，进而引发扁平疣。例如皮肤被指甲划伤后，若接触到HPV病毒，就较易长扁平疣。频繁化妆卸妆刺激： 一些女性频繁化妆、卸妆，过度清洁皮肤等，可能会损伤皮肤的角质层，使皮肤屏障功能减弱，增加感染HPV长扁平疣的风险。如果每天都频繁卸妆，长期下来可能破坏皮肤屏障，导致扁平疣发生。