脾肾阳虚的治疗可通过多种方式，一般可从药物、中医外治及生活调理等方面入手。通常可采用中药调理等方法，比如常用的有附子理中丸合四神丸等方剂。
中药调理方面
附子理中丸： 具有温中健脾的作用，对于脾肾阳虚导致的脘腹冷痛、呕吐泄泻等有一定疗效。它能温阳散寒，改善脾胃虚寒兼肾阳虚的状况。四神丸： 主要功效是温肾散寒、涩肠止泻，适用于肾阳不足所致的泄泻，症见肠鸣腹胀、五更溏泻等，可帮助调节脾肾阳虚引起的肠道功能紊乱。
中医外治手段
艾灸疗法： 可选取肾俞、脾俞、关元、命门等穴位进行艾灸。肾俞是肾脏之气输注之处，脾俞为脾脏之气输注之地，关元是元气所存之处，命门可温补肾阳。一般每次艾灸15 - 20分钟，每周2 - 3次，通过艾灸温热刺激，起到温补肾阳、健脾温中作用。穴位按摩： 按摩足三里、三阴交等穴位也有一定帮助。足三里是“足阳明胃经”的主要穴位之一，按摩它能健脾和胃、调节机体免疫力；三阴交是肝、脾、肾三经交会穴，按摩可健脾益血、调补肝肾，每次按摩每个穴位5 - 10分钟，每天可进行2 - 3次。
生活方式调整
饮食方面： 要避免食用生冷寒凉食物，如冷饮、生鱼片、苦瓜等。可适当多吃一些温阳健脾的食物，像羊肉、桂圆、山药等。羊肉性温热，能温补脾胃、补肾壮阳；桂圆有补益心脾、养血安神之功；山药可健脾益胃、滋肾益精。作息方面： 保证充足睡眠，每晚尽量保证7 - 8小时的睡眠时间，让身体得到充分休息，有利于阳气的潜藏和恢复。同时，要避免过度劳累，过度劳累会耗伤阳气，加重脾肾阳虚的状况。保暖方面： 尤其要注意腰腹部和足部的保暖。脾肾阳虚的人往往畏寒怕冷，腰腹部着凉容易导致脾胃受寒，足部受寒会影响肾阳的温煦作用。可适当增添衣物，夜间盖好被子，冬天可穿保暖的袜子等。